La AMSDE está encabezada por un Consejo Directivo que es electo a votación anualmente de entre los mismos integrantes. Este Consejo está conformado por un Coordinador General, un Tesorero, un Secretario y dos Vocales. Además existen 4 Consejos Regionales (Norte, Centro Occidente, Centro y Sureste) cada uno con su propio coordinador.

Desde la formación de la AMSNDE en 1997 a la actualidad han existido 6 Presidentes los cuales han sido: Aguascalientes, Yucatán, Sinaloa, Oaxaca, Michoacán y Tabasco.